始皇帝巡游時(shí)被趙高毒害（卻僥幸獲得復(fù)生系統(tǒng)，意識(shí)存在。大秦越來越昌盛始皇帝才能復(fù)活），趙高和李斯假傳圣旨賜死太子扶蘇，扶蘇自刎后短暫魂穿現(xiàn)代考古女博士，共享女博士記憶。扶蘇得知始皇帝已經(jīng)暴斃而亡，秦二世而終，震驚不已。隨后扶蘇意識(shí)回到自己身體后，通過玄鳥托夢(mèng)指點(diǎn)，收服蒙括（蒙括有一個(gè)私生子，沒有人知道，只有蒙括一個(gè)人知道，收服蒙括后，再說出馬蹄釘子和馬鞍，徹底收服蒙括），再以假死暗中調(diào)查始皇帝假死之事。扶蘇隨后秘密潛回咸陽(yáng)，在大秦兩個(gè)最強(qiáng)武將和一些文官的支持下選擇驗(yàn)始皇帝尸體，來推算始皇帝死亡時(shí)間。但因始皇帝得到系統(tǒng)的存在，尸體只有一些臭味，沒有其他異常，尸體死亡時(shí)間無法測(cè)出來。隨后扶蘇無奈之下選擇造反，最終處理趙高和李斯，登基為帝，然后始皇帝帶著系統(tǒng)重生到扶蘇的大兒子身上。各國(guó)余孽暴亂，扶蘇在大兒子幫助下發(fā)展大秦帝國(guó)，最終始皇帝復(fù)蘇隱退。