米花國(guó)的工藤新一王子，被邪惡的銀發(fā)巫師灌下毒藥APTX4869，身體退化成七歲小孩。
　　他化名為江戶川柯南，借住在自己的青梅竹馬，毛利蘭家里。
　　為了打敗邪惡銀發(fā)巫師所在組織，他聯(lián)合追查途中認(rèn)識(shí)的朋友們――潛伏在邪惡組織里的安室透、怪盜基德、偵探高中生服部平次，以及來自國(guó)外的，同樣在追查那個(gè)邪惡銀發(fā)巫師所在的組織的赤井秀一先生。
　　經(jīng)過了他們的不懈努力，那個(gè)組織終于被打敗了。
　　江戶川柯南因?yàn)樘^興奮，不小心從天臺(tái)掉了下來。
　　還好在附近的朋友們救了他，不至于讓他倒在黎明前的黑夜。
　　江戶川柯南從組織手里得到了如何制作解藥的方法，把方法交給從那個(gè)邪惡組織里逃出來的、跟他一樣變小了的叫宮野志保的女孩。
　　宮野志保，哦不，暫時(shí)叫她灰原哀，得到方法后，很快就制作出了解藥。
　　他們都恢復(fù)原來的樣子后――
　　工藤新一向自己的青梅竹馬毛利蘭小姐坦白了一切，差點(diǎn)被打了個(gè)半死（并沒有）。
　　宮野志保和自己的姐姐宮野明美去了法國(guó)，那里有她們父母留給她們的產(chǎn)業(yè)。
　　安室透則重回光明，恢復(fù)自己的真名降谷零，和自己的四個(gè)同期們繼續(xù)為了正義的事業(yè)努力奮斗著。
　　怪盜基德――真實(shí)身份其實(shí)是一個(gè)叫黑羽快斗的高中生，也找到了自己想要的真相，回歸了普通的高中生生活。
　　服部平次終于跟自己的青梅竹馬遠(yuǎn)山和葉表白并在一起了，真是可喜可賀！
　　至于赤井秀一……當(dāng)然是回歸自己的國(guó)家啦。
　　自此，一個(gè)紅方大團(tuán)圓，反派全消亡的HE結(jié)局就達(dá)成啦~~~

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