一部分的四魂之玉來(lái)到了現(xiàn)代，名偵探柯南（工藤新一）等與犬夜叉等結(jié)伴，一起開(kāi)始了尋找四魂之玉之旅。
這時(shí)，卻出現(xiàn)了假的四魂之玉，也能污染人的靈魂，連戈薇都不能分辨真假。但假的四魂之玉在殺生丸的天生牙的一揮之下，便化作白沫。

奈落研制出了一種叫“墳因”的粉狀藥，將它們?yōu)⒃谡婕偎幕曛裰希@樣的四魂藏在人體內(nèi)是戈薇看不見(jiàn)的，但唯一的壞處是，體內(nèi)藏有四魂之玉的人做了壞事后，就會(huì)在“現(xiàn)場(chǎng)”留下能被戈薇及犬夜叉感應(yīng)到的四魂之玉的味道。
所以，柯南就出動(dòng)了！只有找出兇手，才能找到藏在其體內(nèi)的四魂之玉。

最后，很意外的發(fā)現(xiàn)，“墳因”的成分竟然與APTX4869(使柯南變小的藥)的成分完全一樣！神樂(lè)也因而身體變小。